Staffel 1

Da Iwasawa weg ist, schlägt Yui vor, dass sie Iwasawas Platz als Sängerin einnimmt, aber die anderen SSS-Mitglieder stimmen dem nicht zu. Yuri schlägt vor, dass die SSS illegal am bevorstehenden Baseballturnier teilnimmt und jedes SSS-Team, das schlechter abschneidet als die NPC-Schüler, eine Strafe erhält, die schlimmer ist als der Tod. Hinata beginnt mit der Rekrutierung von Otonashi, gefolgt von Yui, Shiina und Noda, nachdem es ihm nicht gelungen war, mehrere andere athletischere Mitglieder zu rekrutieren, die bereits Teams hatten. Da immer noch vier Spielerinnen benötigt werden, holt Yui drei NPC-Mädchen, die Fans von Yuri sind, in ihre Mannschaft. In der ersten Runde des Turniers schlugen die SSS-Teams ihre NPC-Gegenspielerinnen, aber bald fällt jede von ihnen in Angels Team, das aus Mitgliedern des Schul-Baseballteams besteht, bis nur noch das Team von Hinata übrig ist. Als sich das Spiel seinem Ende nähert, erinnert sich Hinata daran, wie er in einem ähnlichen Baseballspiel im Leben einen Flyball verpasst hat, und Otonashi glaubt, dass Hinata verschwinden wird, wenn sie das Spiel gewinnen. Doch gerade als Hinata kurz davor ist, eine Pop-Fliege zu fangen und das Spiel zu gewinnen, kommt Yui von hinten und bringt Hinata in einen Würgegriff, und Angels Team gewinnt in der Folge.

Da Naoi nun ein neues Mitglied der SSS ist, beschließt Yuri, die Fähigkeit der Hypnose zu nutzen, um Otonashi die Möglichkeit zu geben, seine Erinnerungen wiederzuerlangen. In einer Rückblende von Otonashis Leben enthüllt er, dass er keinen Lebenszweck hatte. Er arbeitete sehr hart in verschiedenen Jobs, anstatt zur Schule zu gehen, um sich um seine kränkliche jüngere Schwester Hatsune zu kümmern, die in einem Krankenhaus festgehalten wurde. Mit dem wenigen freien Geld, das er hatte, kaufte er Manga, um sie seiner Schwester zu schenken, wobei es ihm egal war, was er mitbrachte oder ob sie aus derselben Serie oder demselben Kapitel stammten. Er arbeitete sogar noch härter, um mit seiner Schwester an Weihnachten auszugehen, indem er mehr Jobs annahm. Nachdem er sie aus dem Krankenhaus geschmuggelt hatte, trug er sie auf die Hauptstraße, um die Weihnachtsbeleuchtung zu beobachten. Nach ihrem Tod erkennt Otonashi, dass alles, wofür er gearbeitet hat, ein "Dankeschön" seiner Schwester war, das er jeden Tag von ihr erhielt. Dies überzeugt ihn, für einen neuen Zweck in seinem Leben zu arbeiten, nämlich anderen zu helfen. In einem Zug zu einer Universität, die Otonashi zum ersten Mal besuchen wollte, nachdem er wieder zur Schule gegangen war, stirbt er bei einem Zugunfall. Nach der Rückblende wird Otonashi klar, dass er gestorben ist, ohne jemals etwas erreicht zu haben, und er weint. An einem neuen Tag gehen die SSS-Mitglieder mit Naoi und Angel fischen. Angel fängt den Herrn des Flusses und hackt ihn mit doppelten Handsonics in mehrere Schnitte. Die SSS-Mitglieder servieren die Schnitte dann den gewöhnlichen Studenten. Otonashi erinnert sich, dass sein Vorname Yuzuru ist, und sagt Angel, er solle ihn mit diesem Namen ansprechen, während er sie mit ihrem Vornamen anspricht, was eine enge Freundschaft kennzeichnet.

Die SSS versuchen, sich gegen die rotäugige Kanade zu verteidigen, aber es bedarf der ursprünglichen Kanade, um sie zu stoppen, indem sie auf sie einsticht, nur um dabei selbst erstochen zu werden. Die SSS merkt, dass Kanade ihr "Harmonie"-Programm benutzte, um eine kampforientierte Kopie von sich selbst zu erstellen, als sie den riesigen Fisch von vorhin aufschnitt, aber der Klon verschwand nicht. Während Yuri den Computer von Kanade benutzt, um etwas zu finden, um den Klon zu besiegen, verbringen die anderen Zeit im Unterricht damit, vorzutäuschen, gute Schüler zu sein, während sie sich in Wirklichkeit auf andere Dinge konzentrieren. Am Ende schreibt Yuri "Harmonien" so um, dass die Klone nach zehn Sekunden absorbiert werden, wenn die ursprüngliche Kanade sie das nächste Mal benutzt. Nachdem die ursprüngliche Kanade entführt und tief in den Untergrund an den alten Standort der Gilde gebracht wurde, geht die SSS weiter. Einer nach dem anderen opfern sich die SSS-Mitglieder, während sie auf dem Weg auf weitere Angel-Klone treffen, bis nur noch Yuri und Otonashi übrig bleiben. Am Ende kämpft Yuri gegen den letzten Klon und Otonashi geht, um das Original zu retten. Nachdem es ihr gelungen ist, "Harmonien" zu aktivieren, teilt der Klon Otonashi mit, dass die skrupellosen Klone, die die SSS angegriffen haben, alle ihr eigenes Bewusstsein haben. Sie fragt mit einem Schmunzeln, was passieren würde, wenn sie alle auf einmal absorbiert würden. Als das "absorbieren"-Programm aktiviert wird, kehren die Angel-Klone zum Original zurück, und Kanade windet sich und schreit vor Schmerz, als Otonashi sie umarmt.

Otonashi sagt Kanade, dass die erste Person, die sie versuchen sollten, weiterzugeben, Yui sei, weil er glaubt, dass sie nur noch wenig zu erfüllen habe, um dann festzustellen, dass sie noch viele Dinge zu tun habe, die sie tun wolle. Der Grund dafür ist, dass Yui schon in jungen Jahren vom Hals abwärts gelähmt war, weil sie von einem Auto angefahren wurde, so dass sie kein glückliches Leben führen konnte. Otonashi gelingt es, ihren Wunsch zu erfüllen, nach einiger Übung eine deutsche Suplex zu spielen und einen weiteren Wunsch zu erfüllen, gegen fünf Gegnerinnen ein Tor im Alleingang zu erzielen (das so genannte Tor des Jahrhunderts"), allerdings mit etwas zusätzlicher Hilfe von Kanade. Als nächstes versucht Otonashi, ihren Wunsch zu erfüllen, einen Homerun zu schlagen, was ihr aber nach einigen Tagen des Versuchs nicht gelingt. Yuis letzter Wunsch ist es, zu heiraten, was Hinata, der das Gespräch belauscht hat, zu der Aussage veranlasst, er werde sie heiraten. Obwohl Yui sich damit entschuldigt, dass sie im Leben behindert sei, verspricht Hinata, dass sie glücklich miteinander gewesen wären, wenn sie sich vor ihrem Tod getroffen hätten. Als ihr letzter Wunsch erfüllt ist, geht Yui weiter. Hinata willigt ein, Otonashi zu helfen, damit ihre Freunde endlich glücklich werden und weiterleben können. Im Flur der Schule wird

Ooyama von einer mysteriösen Kreatur angegriffen, und Noda kann sie abwehren. Yuri hört den Bericht von Yusa, der es einen "Shadows" nennen.

Hinata und Naoi streiten darüber, wer Otonashi helfen soll, wenn ein Schattenmonster plötzlich Naoi angreift, aber Otonashi und Hinata sind in der Lage, es rechtzeitig zu vernichten. Yuri ruft Kanade zu einem Treffen, um herauszufinden, ob sie mit den Schatten zu tun hat, aber das Treffen wird abgebrochen, als eine Gruppe von Schatten Noda, TK und Shiina angreift. Yuri und die anderen springen ein, und alle sind in Sicherheit, aber Yuri bemerkt während des Kampfes, dass sich einer der NSCs in einen Schatten verwandelt hat. Fujimaki scheint zu berichten, dass Takamatsu von einem der Schatten verschlungen wurde, als Ooyama hilflos zuschaute, wie Takamatsu im Boden versunken war. Takamatsu taucht später wieder auf, ist aber jetzt ein NVZ, dessen Seele aufgefressen wurde. Yuri beruft eine Dringlichkeitssitzung mit allen anderen SSS-Mitgliedern ein, Yuri verrät, dass sie von Otonashis Plan wusste, den Mitgliedern beim Weitergeben zu helfen, und sie sagt allen, sie sollten über das Weitergeben nachdenken, damit sie nicht von den Shadwos aufgefressen werden. Später enthüllt Yuri, dass Kanade für Otonashi, Hinata und Naoi ein Mensch ist, bevor sie selbst losgeht, um die Quelle der Schatten zu entdecken. Yuri folgert daraus, dass jemand die NSCs in Schatten verwandeln muss, und sie begibt sich zum Computerraum in der Bibliothek, da dies der einzige brauchbare Ort für eine solche Operation ist. Sie findet einen Mann, der einen Computer programmiert und ihr erzählt, dass jemand immer wieder Computer stiehlt und er einen neuen programmiert. Nachdem der Mann gegangen ist, sucht Yuri nach der Methode, mit der der Dieb die Computer gestohlen hat, und entdeckt einen versteckten Gang, der zurück in die Gilde führt.

Drei Tage nach dem Schattenzwischenfall sind nur noch Otonashi, Yuri, Kanade, Hinata und Naoi übrig, die anderen sind bereits verstorben. Nach der Idee von Kanade halten sie eine Abschlussfeier ab, bei der sie sich gegenseitig für ihre Unterstützung danken. Nachdem die Zeremonie beendet ist, verabschiedet sich Naoi. Juri schließt ihren Frieden mit Kanade, bevor sie geht, kurz darauf folgt Hinata. Nachdem Otonashi und Kanade gegangen sind, schlägt Otonashi vor, dass sie zusammenbleiben könnten, um anderen zu helfen, die in die Welt nach dem Leben kommen, und enthüllt dabei, dass er in sie verliebt ist. Kanade antwortet nur zögerlich, da sie es bedauert, Otonashi nie gedankt zu haben, dessen Herz sie in der realen Welt am Leben hielt, weil er ihr einen Spenderausweis hinterlassen hatte, als er starb. Kanade dankt ihm und verschwindet in seinen Armen, während Otonashi über das Verschwinden seiner neu gefundenen Liebe weint. Otonashi stirbt kurz darauf. In einem Epilog, in der Welt der Lebenden, summt ein Mädchen, das Kanade ähnelt, "My Song", als ein Junge, der Otonashi ähnelt, zufällig vorbeikommt und die Melodie erkennt. Als das Mädchen sich umdreht, um wegzugehen, läuft der Junge ihr hinterher, um ihr auf die Schulter zu klopfen.

Otonashi ist der nächste "Engel" geworden und ist jetzt der Präsident der Studentenschaft. Ein anderer Mensch ist ins Jenseits eingetreten und macht während eines Tests viel Aufhebens um die Werte seines Lebens und warum er sich die Mühe machen sollte, den Test zu machen. Otonashi betritt nach seinem Aufruhr den Raum und fragt, was er will. Der Junge antwortet, um sich gegen Otonashi zu erheben. Otonashi lächelt dann leicht und verlässt den Raum. Dann sieht man ihn im Studentenratssaal mit einer Vase mit Blumen wartend sitzen.

Dies könnte eine Fortsetzung der Serie sein oder, wie der Titel der Episode vermuten lässt, ein alternatives Ende. Jun Maeda sagte in einem Interview auch, dass Otonashi ohne Kanade keinen Grund hätte, im Jenseits zu bleiben. Dies deutet darauf hin, dass es sich um ein alternatives Ende handelt. Anstatt nach dem Abspann "Fortsetzung" zu sagen, heißt es "nächste Stufe". Das eröffnet Spekulationen darüber, was nach dieser oder einer möglichen zweiten Staffel kommt. 

Yuri führt eine neue Operation im SSS ein, die als Operation High Tension Syndrome bekannt ist. Diese Operation soll Angel glauben machen, dass sie ein erfolgreiches Schulleben führen, aber nicht verschwinden. Ihre Verwirrung wird sie zwingen, Gott zu besuchen, und wenn sie das tut, plant die SSS, ihr zu folgen. Von 9.00 Uhr morgens bis 21.00 Uhr abends müssen alle Anti-Angel-Mitglieder alles unter Hochspannung durchführen, d.h. alle Aktivitäten werden in vollem Umfang ausgeführt, d.h. schreien, statt zu reden, durch die Gänge rennen und Saft trinken. Wenn es zu einem Misserfolg kommt, droht man ihnen, dass sie eine ganze Woche lang zum Fasten gezwungen werden, also tun sie, was Yuri sagt, und zwar in vollem Umfang. Ihre hochgespannte Haltung gipfelt in einem Sportfest, bei dem Shiina Noda angreift, weil er eines ihrer Plüschtierchen an seinem Stirnband befestigt hat. Angel erscheint, nachdem er eine Studentenratssitzung auf halbem Wege verlassen hat, und bereitet sich darauf vor, gegen sie zu kämpfen, als sie sieht, dass es keine wirkliche Bedrohung gibt, weil Shiina das Kätzchen einfach nur HOCHSÜSSIG findet. Angel fragt sich, wie sie das erklären wird, und Yuri hört zufällig mit, in der Annahme, dass sie zu Gott gehen wird, um ihn nach der Anomalie zu fragen, dass sie nicht verschwinden. Die SSS folgt Angel, und schließlich erreichen sie den Gardening Club, wo Angel sich lauthals fragt, wie sie den Leuten in der Versammlung erklären wird, dass sie sich gerade an die Rüben erinnert hatte und gehen musste. Yuri erklärt die Operation für gescheitert, und alle SSS-Mitglieder stellen sich ihrem Zorn, indem sie zum Fasten gezwungen werden.

Anmerkung: Diese Episode wurde zusammen mit den DVD's veröffentlicht und hat als Extra-Episode keinen wirklichen Platz in der Serie. In der Zeitachse der Serie könnte sie irgendwo zwischen den Episoden 5 und 9 stattfinden (wahrscheinlicher ist die Episode nach 4, aber vor 5, da Takeyama nicht gezeigt wird und Kanade als feindlich gegenüber der Kampffront angesehen wird).

Zwischen Episode zwei und drei, während der Golden Week, arrangiert Yuri ein tödliches Picknick, bei dem die meisten Mitglieder versuchen, sich gegenseitig mit verschiedenen Fallen und Geräten zu töten. Während die Jungen weitgehend verschiedenen Fallen zum Opfer fallen und nur Otonashi am Leben lassen, versuchen die Girls Dead Monster-Mitglieder Miyuki und Shiori, Iwasawa in verschiedene Fallen zu locken, nur damit sie jede einzelne überlebt, während sie völlig ahnungslos bleibt. Sie versuchen, ihre letzte Falle, ein schreckliches Gebräu, zu benutzen, aber sie landet stattdessen auf Hisako, der sich in ein blutrünstiges Monster verwandelt, das nicht einmal Angel aufhalten kann.